SMK MUHAMMADIYAH 12 JAKARTA didirikan pada tahun 1997 dengan nama pertama kali SMK IT Muhammadiyah 11 Jakarta yang berlokasi di Jl. H. Murtadho No. 2A RT 007/012 Kelurahan Tugu Utara Kecamatan Koja Jakarta Utara. Saat ini SMK Muhammadiyah 12 Jakarta memiliki 3 Kompetensi Keahlian, yaitu :

1. Program keahlian Teknik Ketenagalistrikan dengan Kompetensi Keahlian Teknik Instalasi Tenaga Listrik
   ( Mulai Tahun 1997 s/d Sekarang )
2. Program keahlian Teknik Otomotif dengan Kompetensi Keahlian Teknik Kendaraan ringan ( Mulai Tahun 1997 s/d Sekarang )
3. Program Keahlian Teknik Komputer dan Informatika dengan kompetensi Keahlian Teknik Komputer Jaringan ( Mulai Tahun 2017 s/d Sekarang )

Kepala Sekolah yang pertama kali ialah Drs. Kusnen Djohar. Pada tahun 1998 terjadi perubahan nama dan nomenklatur sekolah dari SMK Muhammadiyah 11 Jakarta menjadi SMK Muhammadiyah 12 Jakarta berdasarkan piagam pendirian perguruan Muhammadiyah, dimana tampuk pimpinan dipegang oleh Abdul Hafid Ali, SAg.

Siswa angkatan pertama merupakan siswa pindahan dari SMK Muhammadiyah 1 Kemayoran Jakarta Pusat. Kemudian pada angkatan berikutnya yaitu tahun pelajaran 1998/1999, siswa yang mengikuti kegiatan pembelajaran merupakan siswa SMK Muhammadiyah 12 Jakarta sesuai dengan ijin prinsip dan mendapatkan ijin operasional sekolah pada tahun 2003.

Kegiatan Praktek siswa pada tahun 1998 – 1999, SMK Muhammadiyah 12 Jakarta bekerjasama dengan SMK Negeri 4 Rorotan Jakarta dalam rangka pelaksanaan praktek baik program keahlian Teknik Instalasi Listrik dan Teknik Mekanik Otomotif. Tetapi mulai tahun pelajaran 2000/2001 SMK Muhammadiyah 12 melaksanakan kegiatan praktek secara mandiri. Peningkatan jumlah siswa dan prosentase lulusan cukup membanggakan seperti dapat dilihat dalam data-data terlampir dan siswa yang telah bekerja diberbagai industri dan perusahaan pada tiap tahunnya cukup menggembirakan. Sejarah tampuk pimpinan SMK Muhammadiyah 12 Jakarta dari awal berdirinya sampai dengan sekarang ialah sebagai berikut :

1. Drs. Khusnen Djohar : Ka. SMK Muhammadiyah 12 Periode 1997-1998
2. Abdul Hafid Ali, S.Ag : Ka. SMK Muhammadiyah 12 Periode 1998-2001
3. Drs. H. Soleh Rachman : Ka. SMK Muhammadiyah 12 Periode 2001-2005
4. Hadi Sumarto, M.Pd : Ka. SMK Muhammadiyah 12 Periode 2005-2013
5. Rusnadi, S.Pd : Ka. SMK Muhammadiyah 12 Periode 2013-2018
6. Ade Suharsono, S.Pd : Ka. SMK Muhammadiyah 12 Periode 2018-Sekarang

Surat Kepemilikan Tanah Milik Yayasan/Perserikatan Muhammadiyah yang beralamat di Gedung Da’wah Muhammadiyah Jakarta Utara komplek Rumah Sakit Islam Jakarta Sukapura Jakarta Utara. Dengan Luas Tanah 2.408 M² terdiri dari 2 lantai dengan luas bangunan 800 M². SMK Muhammadiyah 12 Jakarta mempunyai 2 lantai gedung yang masih berdiri kokoh sampai saat ini sejak berdirinya sekolah tersebut ditahun 1997.

Pengelolaan sekolah SMK Muhammadiyah 12 Jakarta berada pada pengawasan Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Jakarta Utara melalui Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah PDM Jakarta Utara, berdasarkan ketentuan Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Pimpinan Pusat Muhammadiyah.

Pengelolaan adalah kegiatan perencanaan, pelaksanaan, pengadministrasian, pengendalian dan pertanggungjawaban atas Sekolah, Madrasah, dan Pesantren yang dilakukan oleh Sekolah, Madrasah, dan Pesantren di lingkungan Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah di semua tingkatan.

Persyarikatan adalah Persyarikatan Muhammadiyah yang berada di pusat, wilayah, daerah, cabang atau ranting yang menjadi induk Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah (Dikdasmen) penyelenggara dimana Sekolah, Madrasah, dan/atau Pesantren berada dan/atau dikelola. Penyelenggara adalah Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah pada pimpinan pusat, wilayah, daerah, dan cabang Muhammadiyah. Pengelola adalah Sekolah, Madrasah dan Pesantren di lingkungan Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Muhammadiyah (Bab I pasal 1, 10, 11, 12 ketentuan Dikdasmen PP Muhammadiyah).